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【全文阅读】:亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析

亚洲棉Argonaute蛋白家族的生物信息学预测与分析

  • 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
  • 发表时间:2017年1期
  • 蔡娟,商海红,李伟杰,王中娜,宋威武,张震,巩万奎,刘爱英,陈婷婷,李俊文,龚举武,石玉真,葛群,刘世尧,袁有禄
  • 西南大学园艺园林学院/南方山地园艺学教育部重点实验室

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文章简介

【目的】在全基因组水平上鉴定亚洲棉(Gossypium arboretum L.)AGO蛋白家族成员,分析其进化关系,为亚洲棉遗传改良提供基因资源。【方法】用AGO蛋白保守域在亚洲棉基因组数据库中进行同源比对,并对AGO蛋白家族的进化关系、基因结构、结构域、染色体定位、三级结构及表达模式等进行生物信息学分析。【结果】从亚洲棉蛋白数据库中共鉴定出11个AGO蛋白家族成员,其编码区长度为2 949~9 807bp,定位在6条染色体上,其中第9号染色体上分布有4个基因;11个AGO家族成员分为5个亚族,亚族内各成员间具有很高的保守性;AGO家族成员均具有典型的α-螺旋跨膜结构,属于碱性蛋白;从表达模式看,AGO家族成员在纤维发育不同时期和不同组织中的表达量存在较大差异,其中5个基因在棉纤维次生壁后期高表达,在其他时期表达水平较低,存在组织特异性。【结论】成功鉴定了亚洲棉AGO蛋白家族,明确了其基本结构的进化关系及基因表达特点。

文章内容

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关键词

亚洲棉  AGO  生物信息学  

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